רוצי יעקובי, נצר לאלכסנדר זייד והווטרינרית הראשית של בית-המטבחיים בקריית עמל, נקראת לחתום על תעודת מוות של עגלים שגוויותיהם השחוטות מוצגות לראווה באחד המשקים במחוז. מחזה הדם והבשר הזה מטלטל אותה, אך עד מהרה מתברר לה שהוא רק קצה חוט של פרשת שחיטה ענפה; במשקים רבים אחרים מתים עגלים בנסיבות שונות.
וכאילו לא די בכך, אלמוני מנסה להתנכל לה ושולח מכתבי תלונה שבהם היא מואשמת בשחיתויות ובמעורבות בשחיטה שחורה - שחיטה של פרות שבשרן נאסר למאכל. מכתבים אלה ויחסיה המתערערים והולכים עם בעלה, שמוליק, גורמים לבוסים שלה להרהר עד כמה כשרה רוצי לבצע את תפקידה. וייתכן שהם צודקים, כי רוצי עצמה, שגדלה בבית שבו חזתה בשחיטות לפנים, נאבקת בנשיותה ובתגובות רגשיות שלא חוותה מעולם בעודה מנסה לרדת לעומק התעלומה הטורדת את שלוותה. במסעה ממשק למשק, ממגדל למגדל, היא נעשית מודעת לרשת התככים, התסכולים והמרירות הפרושה מתחת לחיים שחשבה שהכירה כל ימיה.
בשחיטה שחורה מתווה שחר מגן, באמצעות עלילה מסעירה, רבת מתח ותפניות, אורח חיים שלם, בעל חוקים נוקשים משלו, הקרוב כל-כך מבחינה גיאוגרפית אך כמעט אינו מוכר כלל מבחינה נפשית. ההיסטוריה החקלאית של ישראל, שהיא מקור לסכסוך דמים מתמשך ומפחי נפש גדולים, קשורה בקשר בל יינתק לתולדות הציונות ולרצונה של זו לברוא חברה חדשה המקיימת קשר מעמיק עם הטבע הסובב אותה. אולם מעבר לכך הרומן זרוע אנקדוטות מחכימות, משעשעות, מתולדות הזואולוגיה המקומית, המגוללות את סיפוריהם של בעלי החיים, השותפים הסמויים של הפרויקט, ואת הסבל שהיה מנת חלקם בשל הטעויות שנעשו.
שחיטה שחורה, ספרו הראשון של שחר מגן, זיכה אותו במועמדות לפרס ספיר לשנת 2007.